W dniu 27 marca 2023 r. Naczelny Sąd Administracyjny podjął uchwałę o sygn. I FPS 2/22 dotyczącą przedawnienia zobowiązań podatkowych w związku z przepisami jednej z tarcz antycovidowych. Obowiązujące przez kilkadziesiąt dni przepisy stanowiły, że w okresie obowiązywania stanu zagrożenia epidemicznego albo stanu epidemii COVID-19, bieg terminów przedawnienia z przepisów prawa administracyjnego, nie rozpoczyna się a  rozpoczęty ulega zawieszaniu na ten okres. W związku z tym pojawiło się znaczące dla wielu podatników pytanie, czy przepisy zawieszające bieg przedawnienia miały zastosowanie również do przepisów prawa podatkowego. Poglądy na ten temat pozostawały rozbieżne.

Naczelny Sąd Administracyjny zajął się tym zagadnieniem w trakcie rozpatrywania skargi kasacyjnej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z 18 sierpnia 2021 r. (sygn. akt I SA/Łd 324/21). Wcześniej Wojewódzki Sąd Administracyjny oddalił skargę podatnika na decyzję naczelnika Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi w przedmiocie VAT za poszczególne miesiące 2015 r. Organ odmówił skarżącemu prawa obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur, które uznał za fikcyjne. Jednakże najważniejsza stała się sprawa przedawnienia zobowiązań podatkowych. Organ uznał, że przepis dotyczący zawieszania biegów terminów prawa administracyjnego można zastosować do zawieszenia przedawnienia zobowiązań podatkowych podatnika, również z tytułu VAT. Podobne zdanie wyraził WSA, który stwierdził, że prawo podatkowe jest częścią prawa administracyjnego i tym samym sporne sformułowanie odnosi się również do prawa podatkowego.

Podatnik złożył od powyższego orzeczenia skargę kasacyjną.  NSA stwierdził, że niezbędne jest wyjaśnienie zagadnienia prawnego, które budzi poważne wątpliwości, w składzie siedmioosobowym. Ostatecznie NSA zajął stanowisko korzystne dla podatników i potwierdził, że przepis tarczy antycovidowej przewidujący zawieszenie biegu terminów prawa administracyjnego nie dotyczy przedawnienia zobowiązań podatkowych. Zdaniem NSA, należy przyjąć, że w  sytuacji, w której zawieszenie biegu terminu mogłoby doprowadzić do skutków niekorzystnych dla podatników, należy przyjąć wykładnię, zgodnie z którą przepisy prawa administracyjnego stanowią gałąź odrębną od prawa podatkowego.