Zgodnie z założeniami tzw. Polskiego Ładu, bez spełnienia dodatkowych warunków neutralnymi podatkowo są jedynie pierwsze transakcje polegające na połączeniu, podziale spółek lub wymianie udziałów. Przy kolejnych tego typu transakcjach neutralność podatkowa jest jednak wyłączona. Jak wynika z treści art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a) ustawy o CIT i art. 24 ust. 8db pkt 1 ustawy o PIT, jeżeli „udziały (akcje) w podmiocie przejmowanym lub dzielonym nie zostały nabyte lub objęte w wyniku wymiany udziałów albo przydzielone w wyniku innego łączenia lub podziału podmiotów”, transakcje są opodatkowane.
Sądy administracyjne stoją jednak na stanowisku, że powyższe przepisy są niezgodne z unijną dyrektywą 2009/133/WE z 19 października 2009 r., z której art. 8 ust. 6 wynika, że neutralność podatkowa reorganizacji „nie stanowi przeszkody dla państw członkowskich w opodatkowaniu zysków, powstających z kolejnego przekazania otrzymanych papierów wartościowych w taki sam sposób jak zyski powstające z przekazania papierów wartościowych istniejących przed nabyciem” (tak wyrok WSA w Gliwicach z 28 kwietnia 2023 r. sygn. I SA/Gl 14/23 i wyrok WSA w Olsztynie z 28 czerwca 2023 r. sygn. I SA/Ol 118/23).
Inaczej sprawę postrzegają organy podatkowe, uznając przepisy art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a) ustawy o CIT i art. 24 ust. 8db pkt 1 ustawy o PIT za zgodne z dyrektywą Unii Europejskiej. Takiego zdania był m.in. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji z 13 grudnia 2024 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.571.2024.1.JF).
W stanie faktycznym będącym przedmiotem powyższej interpretacji indywidualnej, należące do grupy kapitałowej dwie spółki miały wymienić się udziałami, a następnie jedna z nich, będąca jednocześnie wnioskodawcą interpretacji indywidualnej, miałaby przejąć drugą. Wnioskodawca argumentował, że w wyniku restrukturyzacji nie osiągnie przychodu, a transakcja ma uzasadnienie ekonomiczne, co dodatkowo zostało potwierdzone przez DKIS 16 lipca 2024 r. w opinii zabezpieczającej przed zastosowaniem klauzuli przeciw unikaniu opodatkowania (sygn. DKP16.8082.1.2023).
Z argumentacją spółki nie zgodził się DKIS. Organ skarbowy uznał, że jeżeli przejęcie nie będzie pierwszą transakcją restrukturyzacyjną, to spółka uzyska przychód, którego wysokość wynika z art. 12 ust. 1 pkt 8ba ustawy o CIT. Jest nim „ustalona na dzień poprzedzający dzień łączenia lub podziału wartość emisyjna udziałów (akcji) spółki przejmującej lub nowo zawiązanej przydzielonych wspólnikowi spółki przejmowanej lub dzielonej w następstwie łączenia lub podziału podmiotów”.
Oceny DKIS nie podzielił jednak WSA w Warszawie w wyroku z 5 czerwca 2025 r. i uchylił powyższą interpretację indywidualną. Odwołując się do wykładni prounijnej sąd stwierdził, że polskie przepisy są niezgodne z art. 8 ust. 1 i ust. 6 dyrektywy 2009/133/WE. WSA orzekł, że opodatkowanie drugiej i kolejnych restrukturyzacji nie znajduje uzasadnienia w dyrektywie, nie jest też zgodne z jej wykładnią systemową i celowościową. Wyrok jest nieprawomocny.
Warto dodać, że wydany 5 czerwca wyrok zapadł trzy dni po skierowaniu przez WSA w Gliwicach pytania prejudycjalnego do Trybunału Sprawiedliwości UE (sygn. I SA/Gl 34/25), dotyczącego opodatkowania drugich i kolejnych restrukturyzacji.